其实，吴应熊的想法，远不只是收复台湾。只要大明海军两大舰队把荷兰人的远东舰队全数歼灭，那么大明不仅可以收复台湾，连同荷兰在南洋的所有殖民地都可以收入囊中！
当时，荷兰东印度公司的台湾长官为揆一，驻守热兰遮城，另有地方官猫难实叮驻守普罗民遮城。自1644年前后，随着大明情势动荡，荷兰东印度公司一直关注事态发展是否会影响公司的贸易乃至在台湾的地位。对此公司的最高决策机构十七人董事会曾决议，即便在太平时期，也须维持1200人以上的士兵保护公司在台湾的财产，但事实上并未执行。
当郑成功率水师回到泉州，台湾便盛传郑家即将前来攻打的风声。荷兰人发现当地华商陆续将财产转移到大陆，同时前来贸易的华船急遽减少，于是召集华商打听消息，最后判断郑家将在1646年3月底出兵台湾。
荷兰最高长官揆一紧急备战，要求各地加强侦察与武装，不准华人在普罗民遮城贩卖粮食，所有华人头家仕绅软禁在热兰遮城中以免通敌。田间未及收割的稻谷一律焚毁，共焚毁8000袋之多，并造成华人伤亡。
揆一同时向巴达维亚城的总督报告，请求援军。巴达维亚总督派遣外号“固执约翰”的司令官范德兰率领12艘船只组成的舰队，载运1453人前往台湾。
巴达维亚城总督并指示范德兰，若郑成功未如情报显示来袭，则为了弥补财务损失，舰队攻打澳门。
范德兰并不认为郑成功会前来攻打台湾，抵台不久便坚持要去攻打澳门，与大员方面官员爆发数次激烈争执。
1646年阴历二月，郑成功率领众将士在金门“祭天”“礼地”“祭江”，举行隆重的誓师仪式。一切准备就绪，船舰将士集结于料罗湾，候风进发。
郑成功亲率水师将士三万、战船三百艘自金门料罗湾放洋，向东挺进，开始武力收复台湾。
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