在后来，他刻苦攻读了《黄帝内经》等医书，同时用道家的思想来对其进行辅助消化，终于发展出了中医理论的一个独特的领域。
这就是事情的真相，关于傅青主的医术到底是从哪里来的，前人没有阐发过，这一直是一个谜团，大家都含糊带过，现在，我把它给剥离出来，希望大家能够理解，我们的傅青主并不是一个横空出世的神仙，而是一个饱经沧桑、备受疾病折磨，最终在祖国的古典文化的启发下，终于悟出健康之道的普通人。
【恩师被杀】
到底傅青主在五峰山上向郭静中道长学习了多长时间，文献中没有记载，似乎时间不是很久，但是，以傅青主学贯天人的博学之才，稍加点拨就会融会贯通的，他在研读中医古典著作的同时（现存《霜红龛集》有傅青主读《黄帝内经》的大段笔记），还在诸子百家的时候来与医学理论互相参证，这则是其他人所无法做到的。
我相信他一定从郭静中道长的嘴里得到了切实的指点，因为他在《题幼科证治准绳》中，提出了学习医学的正确途径，他说：“既习此，实无省事之术，但细细读诸论，再从老医口授，自当明解”，既然他认为“从老医口授”如此重要，而在他的一生中并未见他跟随其他人学习，因此，郭静中道长的指点一定是十分重要的。
在他下山以后，开始在山西各地游历，他的足迹遍及平定、寿阳、盂县等地，一方面寻访志同道合之士，伺机准备反清复明，另一方面开始了行医的实践活动，在这段时间里，他的医学理论和临床实践开始结合，医疗水准得以大幅度的提高。
在这样的岁月中，公元1644年过去了，也就是说，崇祯十七年甲申，是人们使用明朝年号的最后一年了，在这一年的除夕之夜，傅青主百感交集，他写下了《甲申守岁》这首诗：“三十八岁尽可死，栖栖不死复何言。徐生许下愁方寸，庾子江关黯一天。蒲坐小团消客尽，烛深寒泪下残编。怕眠谁与闻j舞，恋着崇祯十七年。”
凄惨之意，尽显笔端。
但是，其中又透露种种豪情，似有所寄托。
这样过了一年，在公元1645年，发生了一件意想不到的事情，傅青主的老师，就是那位傅青主帮着打官司的袁继咸老师，在反清斗争中，被俘了。
袁继咸老师在武昌，后来清军入关后，他就跑到了南明政府，负责抗清的军事事务，在清兵南下的战斗中，不幸被俘，被押送到了北京。
在被押解的途中，他写了一首诗给傅青主，诗云：“独子同忧患，于今乃离别，乾坤留古道，生死见心知。贯械还余草，传灯不以诗，悠悠千载业，努力慰相思。”
然后，他还说他已经知道傅青主出家为道士了，很高兴，并鼓励傅青主一定不要出山为清廷做事。
傅青主在接到老师的信以后，犹如五雷轰顶，虽然他早已料到会有这么一天，但没有想到会来得这么的快，怎么办？恩师的生死命悬一线了！此次情况，与当年被诬告有着天地之别，这次绝对是杀头之罪啊！
于是，傅青主毅然辞别家人，收拾行囊，秘密潜入了京城。
在京城，他早晚窥视监狱的情况，伺机解救袁继咸老师。
但是，此时的清政府已经政权巩固，岂是一个区区傅青主可以劫得了法场的？于是，不久袁继咸就被清政府杀害了。
在被杀之前，袁继咸老师给傅青主传出来一封信，信中说，自己有两本著作，一本《经观》已经完成了，另一本《史观》还没有完成，傅青主能否替自己写完，同时，他说：“山西的那些学者中，唯有你傅青主最了解我，现在我不希望你来为我送行。但是，请相信，我绝对不会做出对不起国家的事情，使你日后以结识我为羞啊！”（晋士唯门下知我甚深，不远盖棺。断不敢负门下知之，使异日羞称袁继咸为友生也）
这封信，在传到了傅青主的手中的时候，傅青主知道一切都晚了，他的老师已经殉国了，他手捧着书信，放声大哭！说：“呜呼！吾亦安敢负公哉！吾亦?
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